校董會是本學院的最高管治組織，負責制訂本學院的策略及政策，並確保政策妥善執行，以及有效運用資源。鑑於本學院的課程具有職業導向的特色，校董會成員均為商界及學術界的翹楚，並以商界人士居多。
本學院為職業訓練局(VTC) 成員之一，VTC理事會成員更兼任本學院校董會成員，院校與VTC的聯繫密切。
學院理事會轄下的學術委員會主要負責監督及管理學務，並由副校長（學術）擔任主席。
學術委員會在課程委員會和語文及通識教育學院委員會的支持下，負責處理與課程及其發展的相關事宜。課程委員會負責管理THEi高科院的整體及其學術課程，並實施院校的學術政策和規章。而語文及通識教育學院委員會則負責通識教育課程的開發、審查及質素保證。
香港高等教育科技學院 (THEi高科院) 採用以「切合所需」為原則的質素保證制度，並透過強大的業界網絡及國際合作，致力提供卓越的職業專才教育及具影響力的應用研究。THEi高科院作為職業訓練局 (VTC) 的機構成員之一，其開辦之學士學位課程由VTC頒授，在運作上保持高度自主與學術獨立，而質素保證制度則由VTC監察。THEi高科院已推行一套健全穩健的質素保證制度，推動學院內質素保證文化的發展，確保提供的課程，以及專業與行政服務質素良好。此外，THEi高科院透過與法定機構香港學術及職業資歷評審局 (HKCAAVQ) 緊密協作，由本地及海外專家評審課程，以確保課程質素。THEi高科院的課程亦得到本地及國際專業團體認可，反映課程內容符合行業標準。
