校董会是本学院的最高管治组织，负责制订本学院的策略及政策，并确保政策妥善执行，以及有效运用资源。鉴于本学院的课程具有职业导向的特色，校董会成员均为商界及学术界的翘楚，并以商界人士居多。
本学院为职业训练局(VTC) 成员之一，VTC理事会成员更兼任本学院校董会成员，院校与VTC的联系密切。
学院理事会辖下的学术委员会主要负责监督及管理学务，并由副校长（学术）担任主席。
学术委员会在课程委员会和语文及通识教育学院委员会的支持下，负责处理与课程及其发展的相关事宜。课程委员会负责管理THEi高科院的整体及其学术课程，并实施院校的学术政策和规章。而语文及通识教育学院委员会则负责通识教育课程的开发、审查及质素保证。
香港高等教育科技学院 (THEi高科院) 采用以「切合所需」为原则的质素保证制度，并透过强大的业界网络及国际合作，致力提供卓越的职业专才教育及具影响力的应用研究。THEi高科院作为职业训练局 (VTC) 的机构成员之一，其开办之学士学位课程由VTC颁授，在运作上保持高度自主与学术独立，而质素保证制度则由VTC监察。THEi高科院已推行一套健全稳健的质素保证制度，推动学院内质素保证文化的发展，确保提供的课程，以及专业与行政服务质素良好。此外，THEi高科院透过与法定机构香港学术及职业资历评审局 (HKCAAVQ) 紧密协作，由本地及海外专家评审课程，以确保课程质素。THEi高科院的课程亦得到本地及国际专业团体认可，反映课程内容符合行业标准。
